해마다 국가 연구·개발(R&D) 투자액의 40%가량을 지원받는 27개 정부출연연구소의 구조 개편이 본격화되고 있다.

투자 대비 효율성을 높이고, 부처별로 산재된 지배구조를 통합해 집중적인 연구가 가능하도록 하겠다는 취지다. 그러나 개혁 당사자인 출연연은 물론 각 부처의 입장이 크게 달라 개편에 적잖은 진통이 예상되고 있다.

18일 교육과학기술부와 국가과학기술위원회에 따르면 오는 28일 청와대에서 교과부, 지식경제부, 기획재정부 등 관계 부처 장관들이 모여 ‘출연연 구조개혁 방안’을 확정하기로 했다.

국과위 고위 관계자는 “청와대와 각 부처가 이달 중에는 방안을 매듭짓기로 의견을 조율했다.”고 밝혔다.

출연연 개혁의 핵심은 지난해 ‘출연연 발전 민간위원회’가 마련한 개선안에서 다뤄진 지배구조 개편에 맞춰지고 있다. 민간위 안은 전문성과 실용성이 두드러진 식품연구소를 제외한 교과부 산하 13개, 지식경제부 산하 14개 출연연을 국과위 등 하나의 부처 아래로 옮겨 총괄 관리하는 내용을 담고 있다.

이주호 교과부 장관은 최근 “한국의 출연연은 독일식 구조를 표방하면서 만들어졌지만 지배구조는 따라가지 못하고 있다.”면서 “수많은 연구소를 하나의 재단으로 관리하는 독일이나 일본식 시스템으로 가야 한다.”고 밝혔다.

김도연 국과위원장 역시 “확실한 당면과제”라며 “관계부처들도 큰 틀에서 공감하고 있다.”고 강조했다. 출연연 개혁의 당위성은 상당부분 입증되고 있다. 청와대 고위관계자는 “최근 작성된 ‘2010년 국가연구개발 사업 조사·분석 보고서’에 따르면 출연연은 국가 R&D 예산의 39.8%인 5조 5000억원을 지원받고도 논문은 25%를 지원받은 대학의 5분의1, 특허는 3분의2에 불과하다.”면서 “각 부처의 단기 과제를 받아 운영하는 출연연 구조가 이같은 한계로 이어진 것”이라고 분석했다.

이어 “하나의 지배구조 아래 출연연을 두면 중점 과제별로 운영이 가능하고, 예산의 효율적 배분과 기관 간 융합도 가능하다.”고 말했다.

그러나 정부 안에서 반대 의견도 나오고 있다. 국과위 관계자는 “지경부 측이 산업과 직접 연관된 기관들은 직접 챙겨야 한다는 입장을 보이고 있다.”며 내부 사정을 전했다.

출연연 구성원들의 반발도 걸림돌이다. 한 출연연 관계자는 “독일식을 내세우면서 하나로 통합하려고 하는데, 독일은 기초기술(막스플랑크)과 융합·응용연구(프라운호퍼), 거대연구(헬름홀츠) 등 세 가지 구조로 각기 운영하고 있다.”면서 “유리한 논리만을 가져오는 것은 일단 바꾸고 보겠다는 단편적인 시각”이라고 지적했다.

박건형기자 kitsch@seoul.co.kr