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행정지도에 따르지 않을 경우 보조금 지급 중단, 세무조사, 명단 공표 등의 불이익을 주기도 한다. 행정절차법에서는 상대방의 의사에 반하여 부당하게 강요하는 행정지도는 위법하고(제48조 제1항), 행정지도에 따르지 아니함을 이유로 불이익한 조치를 취한 경우 그 불이익한 조치는 위법한 행위라고 규정하고 있다(행정절차법 제48조 제2항).
행정지도가 항고소송의 대상이 되는지에 대해서 ①행정지도는 비권력적 행위이고 그 자체로서 법적 효과를 발생시키지 않기 때문에 항고소송의 대상이 되지 않는다고 보는 견해와 ②행정지도 중 사실상 강제력을 갖고 국민의 권익을 침해하는 것은 예외적으로 항고소송의 대상이 된다고 보는 견해가 있다.
판례는 위법 건축물에 대해 구청장이 단전 및 전화 통화 단절 조치를 요청한 행위(대법원 95누9099판결), 세무당국의 주류 거래 중지를 요청한 행위(대법원 80누395판결)에 대해 모두 권고적 효력을 가지는 데 불과하고 법적 효과를 가져오는 것이 아니라는 이유로 처분성을 부정하였다.
종전 건축법에서 위법 건축물에 대한 단전 및 전화 통화 단절 조치 요청과 관련해 한국전력 등에 이를 따라야 할 의무를 부과하고 있었던 점, 세무 당국의 요청을 거부하기 어려운 점 등을 감안하면 판례의 태도가 형식 논리에 치우친 것이라는 비판이 제기된다.
행정 재판에서 행정지도가 재판의 대상이 되는 것을 부정한 것과 달리 헌법재판소에서는 재무부 장관이 제일은행에 대해 행정지도 형식으로 국제그룹 해체 조치를 지시한 것을 헌법소원의 대상으로 보는 등 이전부터 행정지도라 하더라도 헌법소원의 대상이 된다고 판단하였다(헌재89헌마31).
이번 사안인 2002헌마337 등의 판결 사안에 대해 간략히 살피면 국공립대학 총장들이 교수회의 지위를 의결기구로 정하자 교육인적자원부 장관이 그 학칙 중 교수회의 지위를 심의기구나 자문기구로 개정하라는 내용의 학칙 시정 요구를 한 것이다. 이에 대해 교수회와 소속 교수들이 헌법소원을 청구했다.
행정 재판 절차에서 행위의 형식에 중점을 두어 행정지도가 재판의 대상이 되는 것을 부인한 것과 달리 헌법재판소에서 행위의 실질적인 구속력에 착안해 재판의 대상이 되는 것을 인정한 것은 권리 구제 측면에서는 진일보한 면이 있다.
다만, 위 판결에서 총장이 아닌 교수회나 교수들은 헌법소원을 청구할 자기 관련성이 인정되지 않아 각하돼 본안 판단을 받지 못한 것은 아쉬움이 있다.