공사, 공단과 달리 영리기업 분류…성남 270억·안산 145억 등 미납

국세청 “법 개정 전엔 징수 계속”

전국 지방자치단체들이 설립한 지방공사 상당수가 수십억원에서 수백억원씩 부가가치세를 내지 않아 세금 납부를 독촉받고 있다. 이들은 시설관리공단과 지역개발공사를 각각 설립해 운영하다가 2010~2013년 행정자치부 권고를 받아들여 지방공사로 통합했다.

22일 중부지방국세청에 따르면 세무당국은 광역 및 기초지방자치단체 위탁을 받아 노상주차장·환경기초시설·문화체육센터 등을 운영하고 있는 전국 62개 지방공사에 부가세 납부를 독촉하고 있다. 상습체납하고 있는 지방공사 대표들은 사법기관에 고발조치 됐으며, 세무조사도 이뤄지고 있다.

중부지방국세청 관계자는 “공단은 (중앙)정부 업무를 대행하는 공기업이라 면세 대상이지만, 지방공사는 법상 ‘영리기업’이라 조세특례제한법 제106조 규정에 따라 납세의무가 있다”고 밝혔다. 이 관계자는 “과거 A지방공사가 법인세 및 부가세 납부의무가 없다며 소송을 제기했으나 최근 대법원에서 과세대상으로 최종 확정됐다”고 덧붙였다.

2011~2015년치 부가세 납부를 독촉받고 있는 지방공사의 체납세액은 경기 성남 270억원, 안산 145억원, 광주와 용인 각 130억원, 화성 91억원, 의왕 70억원 등이다. 양평군이 설립한 양평공사는 미곡처리장을 비롯한 농산물 관련 위탁사업에 대해서는 면세 헤택을 받고 있지만, 환경기초시설 운영 대행 등과 관련해서는 매년 4억 2500만원씩 부가세를 내고 있다.

이에 대해 고양·구미·춘천 등의 지자체들은 “행정자치부가 업무 효율성을 높인다며 시설관리공단과 지역개발공사로 분리운영하던 지방공기업들을 통합하라고 권고해서 통합했는데 이제 와서 공단은 면세하고, 공사는 과세를 한다는 것은 부당하다”고 주장했다. 이들은 조세심판원에 불복신청을 하고 행자부 및 국회에 관련법 개정을 요구하는 등 강력하게 반발하고 있다. B지방공사 등은 “시·군에서 위탁받은 용역은 영리사업이 아니며 공사와 공단의 역할 차이가 전혀 없다”며 분통을 터트리고 있다. 김포도시공사는 9월 완료를 목표로 면세 대상 업무를 분리해 공단을 별도 설립할 예정이다.

경기지역 도시공사들은 지난해부터 경기도 도시공사 협의회를 구성해 행자부 등에 법령 개정을 건의하는 등 공동 대응하고 있다. 중부지방국세청 관계자는 “상당수 지방공사가 성실하게 부가세를 납부하고 있다”면서 “납세 형평성 차원에서 법령개정이 이뤄지기 전까지 징수를 계속할 것”이라고 밝혔다.

한상봉 기자 hsb@seoul.co.kr