2조원대의 막대한 자금이 투입되는 이 사업이 정상적으로 진행되기 위해선 6000억원 정도의 지방비가 필요하지만 재원 마련이 쉽지 않다.
하지만 시는 내년에 집중적으로 세계도시엑스포 준비 예산을 투입해야 하고, 아시안게임 경기장 건설 등에도 천문학적인 예산(2013년까지 최소 6200억원)이 필요하다.2000억원 규모의 올 하반기 추가경정예산 마련에도 애로를 겪은 처지다. 시는 이에 따라 검단신도시 예정지역에 도로개설 등으로 이미 투자한 3600억원을 사업자로부터 돌려받아 지하철 사업비로 충당하는 방안을 검토 중이다. 또 인천지하철 2호선 건설의 최대 수혜자가 될 청라지구(경제자유구역) 개발사업자에게도 지하철 건설비용 분담을 요구할 태세다.