영세사업자를 위한 부가가치세 간이과세제 적용대상이 세무서에 따라 제각각이고 불명확한 것으로 나타났다. 과다 납부한 부가세 환급도 제대로 이루어지지 않고 있다.

감사원은 21일 국세청의 부가세 운영실태를 감사한 결과 “사업자가 과다납부한 부가가치세를 환급해주지 않거나 가공세금계산서를 주고받은 사업자에 대한 세무조사를 부실하게 처리한 사례를 적발하고 관련 공무원 14명의 징계를 요구했다.”고 밝혔다. 현행법상 연간 매출액 1200만원 미만 사업자는 부가세 납부의무가 면제되며 매출규모가 4800만원 미만인 영세사업자는 간이과세자로 분류돼 간편하게 부가세를 신고·납부할 수 있다.

그러나 지난해 9월 이마트, 홈플러스, 롯데마트 등 3개 대형할인점의 245개 점포를 조사한 결과, 133개 점포에 입점한 사업자는 간이과세제를 적용받지 못하는 반면, 112개 점포에 입점한 사업자 116명은 간이과세 혜택을 적용받았다. 또 광주지방국세청은 업종에 관계없이 일정면적 이상 사업장을 운영하는 사업자는 간이과세를 적용하지 않았지만 대구지방국세청은 잡화소매, 담배소매, 의복수선, 가정용품수리, 부동산중개업에 대해선 사업장 면적과 상관없이 간이과세를 적용했다.

부가세 환급을 제대로 해주지 않거나 세무조사를 부실하게 처리한 사례도 적발됐다. 지난해 9월 현재 종로세무서 등 106개 세무서는 5913개 사업자에 대해 환급해야 할 부가세 214억원을 돌려주지 않았다. 금정세무서 등 105개 세무서도 부가세 납부의무 면제자 3513명이 잘못 납부한 3억 6776만원을 돌려주지 않았다.

강국진기자 betulo@seoul.co.kr