국세청이 업종분류를 잘못하거나 면세분 매입세액을 과다공제하는 등 업무착오로 인해 1100억원이 넘는 법인세와 부가가치세, 양도소득세를 부족하게 징수했다는 감사결과가 나왔다.

감사원은 31일 국세청과 대전지방국세청에 대한 기관운영감사 결과를 발표하고 부족하게 징수한 국세를 추가징수하라고 시정요구했다. 감사원에 따르면 서대전세무서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 ‘면세사업에 관련된 매입세액’은 사업에 투입된 재화와 용역이 실지 귀속되는 사업을 구분 산정하도록 한 부가가치세법 시행령 규정을 어기고, 한국철도공사에 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 매입세액을 산정했다. 이로 인해 한국철도공사가 2005년부터 2008년까지 부가가치세를 784억원이나 과다 공제 신고했는데도 서대전세무서는 부가가치세 1046억원(신고·납부 불성실가산세 포함)을 부족하게 징수했다.

대전지방국세청은 업종분류를 잘못하는 바람에 549억원(신고·납부 불성실가산세 포함)에 이르는 법인세를 덜 징수했다. 코리아로터리서비스(KLS)는 본사를 지방으로 이전하더라도 ‘소비성서비스업’인 온라인복권 발행업을 계속하기 때문에 법인세 감면 대상이 될 수 없는데도 대전지방국세청은 ‘사업서비스업’으로 업종분류를 해버렸다.

이밖에 서울 서초세무서 등 89개 세무서는 2004년부터 지난해 7월까지 441명이 상속·증여로 취득한 재산의 양도차익 산정을 잘못해 양도소득세 57억원을 부족하게 징수했다.

강국진기자 betulo@seoul.co.kr