연간 1만여 척 선박 입항 빨라진다, 선박 검역 '감염병 위험도 중심'으로 전환

- 「검역법」 시행규칙 개정... 승선검역 절반 이상(57.6%) 차지하는 '단순 선원교대' 일괄 승선 폐지

- 미·일 등 주요국 기준 맞춰 관행 털어내고, 연간 1만여 척 '저위험' 선박 신속 입항

- 서류심사 전환 사각지대 보완 위해 '무작위 표본조사' 방식의 승선검역 도입 

- 16년 만에 주요국 1/5 수준이었던 선박위생증명서 발급 수수료 현실화... '일본 대비 2배' 몰리던 발급 쏠림 방지하고, 사전 심사서류 지정으로 품질 제고

  질병관리청(청장 임승관)은 선박 검역을 감염병 위험도 중심으로 정비하고, 선박 위생관리체계를 세계보건기구(WHO) 기준에 맞추어 표준화하기 위한 「검역법 시행규칙」 일부개정안을 8월 31일(월) 공포한다. 

 < 검역감염병 위험도 기반으로 승선검역 기준 조정 > 

  그간 선박 검역 시에는 상대적으로 위험도가 낮은* '검역관리지역' 선박도 선원을 교대할 때마다 일괄 승선검역을 실시해 왔다. 이는 미국·일본 등 주요국**에 비해 과도한 규제승선으로, 선박 운항 및 하역 지연에 따른 해운업계의 불편뿐만 아니라 검역관의 해상 승선 안전사고 우려가 현장에서 지속적으로 제기되어 왔다.

  * '24.9월부터 치명률·전파력이 높은 검역감염병(에볼라바이러스병 등) 중심으로 중점검역관리지역을 별도 지정하여 검역관리지역과 차등화된 집중 검역체계 운영

 ** 환자·사망자 발생 등이 있는 경우 승선검역 실시(단순 선원교대는 승선검역 사유 미해당)

  실제로 1년간 해상 승선검역 중 '검역관리지역 선원교대'로 인한 검역이 절반 이상을 차지했으나, 의사환자가 확인된 사례는 단 한 건도 없었다.

  이에 2026년 10월 1일부터 선박 승선검역 대상에서 '검역관리지역에서 선원 교대가 있었던 경우'를 제외하고, 검역감염병 환자·사망자 발생 또는 매개체가 서식하는 경우, 선박위생증명서를 소지하지 않거나 유효기간이 지난 경우 등 검역감염병 전파 위험이 큰 '고위험 선박'에 승선검역을 집중 실시하도록 개선된다.

  이를 통해 연간 약 1만여 척*의 저위험 선박이 서류 심사만으로 신속히 입항하게 된다. 승선 대기시간 단축으로 선박의 '적기 입항·하역'을 지원하고 해운업계의 대기 손실을 최소화하는 동시에, 미국·일본 등 주요국 기준에 맞춘 선진 검역체계를 구축할 수 있게 된다. 

  * '23.∼'25년 '검역관리지역 선원교대' 승선검역 대상 선박은 연평균 약 1만 건(총 29,094건)

  더불어 해상 줄사다리 승선에 따른 검역관 안전사고 우려를 해소하여 검역 현장의 안전성을 강화하였다.

  한편, 이번 개정은 검역조사 자체를 생략하는 것이 아니라 전수 전자 서류심사로 검역조사 방식을 전환하는 것이며, 서류의 사실 확인이나 보건상태 점검을 위해 필요한 경우 현장 보건위생조사를 즉시 병행할 수 있도록 관리체계를 유지한다. 아울러, 서류검역 전환에 따른 사각지대 발생을 방지하기 위해 올해 말부터 일부 선박을 무작위로 선정해 승선검역을 실시하는 표본조사 방식도 도입한다. 

 < 선박위생증명서 발급 체계의 국제 표준화 > 

  16년 간 동결되어 주요국 보다 낮은 수준*이었던 선박위생증명서 발급 수수료를 2026년 10월 1일부터 현실화한다. 그동안 낮은 수수료로 인해 입항 선박 대비 발급 비율이 약 8~10%에 달해, 일본(약4%)에 비해 2배 이상 발급 신청이 집중되는 쏠림 현상이 발생해 왔다.

  * (수수료 현황) 한국 2∼10만, 일본 15∼50만, 영국 20∼80만, 호주 160만, 미국 1,100∼9,400만

  이번 수수료는 해운업계의 의견 수렴과 입법예고를 거쳐 조정되었으며, 조정 이후에도 주요국 대비 낮은 수준을 유지하여 급격한 부담 증가를 방지하였다. 또한 선박 총 톤수별 수수료 부과 체계를 기존 5단계에서 총 6단계 구조로 세분화했다. 

  이와 함께 2026년 12월 1일부터 음용수 분석 보고서 등 선박 위생과 관련된 사전 심사 서류를 질병관리청장이 정하도록 함으로써 선박 위생검사 절차를 표준화한다.  

  임승관 질병관리청장은 "이번 개정은 관행적 규제를 덜어내고 선박 검역체계를 '위험도 중심'과 '국제 표준'으로 전환하는 계기가 될 것"이라며, "서류검역 전환에 따른 사각지대 발생을 예방하기 위해 올해 말부터 무작위 표본조사 방식의 승선검역을 함께 도입하여 국경 검역의 안전성과 선박 입항 신속성을 균형 있게 확보해 나가겠다"고 밝혔다.