감사원은 등록금 이월금이 남아도는 전국 5개 대학에 교육부가 3년간 총 223억원의 국고를 지원하는 등 대학 재정지원제도를 허술하게 관리·운용해 왔다고 밝혔다. 사학진흥재단 자료를 분석한 결과 서울과 수도권을 포함한 전국 12개 대학에서 등록금을 관행적으로 남겨 왔다. 이로써 2012회계연도 기준으로 한 학교당 이월금이 평균 220억원에 이르렀다. 같은 기간 이들 대학의 장학금은 전체 평균보다 3.4∼4.2% 포인트 낮았다.