김 의원은 서울의료원을 대상으로 진행된 2018년 행정사무감사에서 서울의료원의 진료비 감면 현황과 서울시 출연 및 직영병원 특정감사 결과를 제시하며, 서울의료원의 진료비 감면제도의 방만한 운영과 행정 운영 미숙에 대해 지적하고 이를 조속히 개선할 것을 주장하였다.
김 의원은 서울의료원에서 제출한 진료비 감면 현황에서 최근 3년간 직원 및 직계 가족에 대한 진료비 감면 건수가 전체 진료비 감면 건수의 50% 이상(2016년 56.16%, 2017년 55.87%, 2018년 9월 88.91%)을 차지하고 있음을 지적하였다.
또한 서울시의 특정감사 상 진료미수금 관리업무 소홀 및 진료비 감면제도 운영 부적정 등 총 18건을 지적받은 것에 대해 서울의료원의 전반적 행정 운영이 미숙함을 지적하고, 기능보강사업의 경우 계약부터 착공, 폐기물 처리 등 까지 전반에 대한 제대로 된 행정처리가 미흡했음을 비판하였다.
이에 김민기 서울의료원장은 “병원이라는 특수성 때문에 행정 처리에 미흡한 점이 있었고 이를 개선하기 위해 적극 노력하겠다”고 말했다. 김용연 의원은 “시민과 의료취약계층을 위해 공공의료를 제공해야 하는 시립병원의 역할을 기억하고 행정적 운영에도 주의를 기울여야 한다”고 당부하였다.
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